Niklas Hedl is afkomstig uit de jeugdopleiding van Rapid Wien.[1] Zowel zijn vader Raimund Hedl (°1974) als zijn oudere broer Tobias Hedl (°2003) speelden bij Rapid Wien. Hij startte zijn carrière bij de reserves van de club en maakte zijn debuut in de hoofdmacht op 20 februari 2022 in de wedstrijd tegen SK Sturm Graz.