Op 28 februari 2009 leidde Zelinka zijn eerste wedstrijd op het hoogste niveau in Tsjechië. De wedstrijd tussen FC Tescoma Zlín en SK Kladno eindigde in 0–0. Hij gaf in dit duel zes gele kaarten.[1] Twee jaar later, op 30 juni 2011, floot de scheidsrechter zijn eerste wedstrijd in de UEFA Europa League. Honka Espoo en Nõmme Kalju troffen elkaar in de eerste ronde (0–0). In dit duel deelde de Tsjechische leidsman vijf gele kaarten uit.[2] Zijn eerste wedstrijd in de UEFA Champions League volgde op 1 augustus 2012, toen in de derde ronde Celtic met 2–1 won van HJK Helsinki. Zelinka gaf in dit duel driemaal een gele kaart aan een speler.[3]