In België loopt de E46 uitsluitend over secundaire wegen. De weg komt België binnen ten zuiden van Bouillon en volgt daar de N89. Vervolgens passeert de E46 de steden Bertrix, Libramont en Saint-Hubert. Daarna volgt het traject even de N4 tot in Marche-en-Famenne, waarna verder de N63 gevolgd wordt naar Luik. Ter hoogte van de brug over de Maas in Ougrée (aan de overkant van Sclessin), vervolgt zij haar route over de N90 tot in het centrum van de stad.
Opmerkelijk: op het Belgisch gedeelte is er over het hele traject nooit een wegwijzer die 'E46' aangeeft omdat België de E-wegen linkt aan zijn autosnelweg-netwerk (A-wegen), en de E46 enkel over N-wegen loopt. De naam 'E46' is nagenoeg onbekend in België. Het nummer verschijnt sporadisch op de kilometerpalen.