De 12e editie van de Eneco Tour werd verreden tussen 19 en 25 september 2016 in Nederland en België en behoort tot de UCI World Tour 2016 wat betekende dat alle World Tour-ploegen startrecht/-plicht hebben. De Belg Tim Wellens was net als het voorgaande jaar titelverdediger. Deze editie werd gewonnen door Niki Terpstra.
Parcours
In de editie van 2016 moesten er zeven etappes gereden worden. Drie etappes hadden start en finish in Nederland, vier in België. De eerste etappe liep van Bolsward naar Bolsward. De slotetappe van Bornem naar Geraardsbergen.
Gouden Kilometer
Net zoals bij de introductie in de editie van 2015 was ook de zogenaamde Gouden Kilometer ("Eneco Golden KM") weer in de Eneco Tour opgenomen. De Eneco Tour is de enige World Tour-wedstrijd die gebruik maakt van dit concept. Rond 20 kilometer van de finish was er één kilometer met drie tussensprints. In iedere tussensprint was er één, twee of drie seconden te winnen. Het was dus mogelijk om binnen die kilometer maximaal negen bonificatiesecondes te sprokkelen.