Begiristain kwam 22 keer (zes doelpunten) in actie voor het Spaans nationaal elftal, waarmee hij deelnam aan het WK van 1994.
Technisch directeur
In 2003 werd Begiristain door voorzitter Joan Laporta aangesteld als technisch directeur bij FC Barcelona. Op 28 oktober 2012 werd bekend dat hij de overstap maakte naar Manchester City, waar hij eveneens de functie van technisch directeur bekleedt.[1]